教育目標主要為培養優秀的商船船長與船副。 相關之航技教育訓練與研究人才。航運公司及海上運輸相關企業之經理人才。 (未來設立研究所)主要提供與航技(包含海務與運務領域)相關研發人才的培育，並提供適當在職進階研發提升的管道。

為了強化目前教育目標，並兼顧未來發展的教育目標，本系二技與四技已於九十三年實施海勤與陸勤之教學分流，選擇上船服務或岸上航務工作。 本系課程經挪威驗船協會DNV認證，已符合聯合國之國際海事組織航行員當值訓練課程STCW培訓公約的課程規劃。